随着分子生物学、微生物工程技术和代谢工程学的发展，微生物制剂使用最多的菌种有：光合细菌、芽孢杆菌复合菌、EM菌、硝化细菌等。
保护水质、净化养殖水环境的作用主要体现在以下三点：
分解消耗饲料残渣、水生动物尸体、排泄物、肥料，净化水质，消除并控制水体中的氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质的积累，增加水体溶氧，减少换水总量。
水体优势菌群越来越受到高度重视。诸多专家学者长期细致研究发现，有益微生物进入水体，演变成优势菌群起主导作用，分泌各种有效因子抵制有害病菌的滋生，水环境好了，水产类动物的病害发生的机率也就少了。
微生物细胞与其他生物细胞化学组成没有本质上的差异，本身富含蛋白质、氨基酸和维生素，是优良的饲料添加剂。微生物的代谢产物为蛋白质、脂类、酶、多糖、核酸等，进入鱼类肠道，有利于消化，被机体组织细胞所利用，促进生长。
微生物制剂在使用中也会出现一些“意料之外”的现象，芽孢、乳酸菌…这些微生物制剂你确定会用吗？正确对待和使用微生物制剂，对增强池塘底质自净能力，快速修复养殖池塘底部环境，造福生态养殖，都有莫大裨益。
池塘低溶氧会影响生物底改的效果
水产养殖要想获得高产、高效，都离不开一个最基本、最重要的条件——增氧。
分解水体有机物需要耗氧，水体溶解氧的高低，直接影响到好氧菌生长速率和氧化分解污染物的效率。目前常用的微生物制剂中芽孢杆菌为好氧菌（或兼性），硝化细菌为严格好氧菌，养殖户使用这类活菌产品，一定要保持水体足够的溶氧，提高水体活性，才能维持细菌快速繁殖和对污染物的有效分解。因此，有些生物底改剂推荐配合增氧粉（颗粒）使用，也是通过增加溶氧来促进生物底改的效果。
天气状况对水温及水色的影响
大多数微生物制剂在20～3O℃内有比较好的活性，水温10℃以下时对菌体存活没有任何问题，但代谢活性较慢，发挥作用不显著，故在使用微生物制剂时要注意水温对产品效果的影响。
天气好坏还影响到藻类的繁殖及水色变化。建议最好在晴天上午使用微生物制剂。亚硝酸细菌对近紫外波段很敏感，强烈的光照对于亚硝酸细菌影响较大，因此在使用硝化细菌类产品时养殖水体的透明度不能太大，或者选择合适的时间使用效果比较好。
碱度-pH值和盐度
碱度的大小表征水体缓冲能力的大小。在藻类光合作用下，低碱度水体（CaC0含量<50 mg/L）相对于高的水体（CaCO含量80～150 mg/L）有更大的pH值波动。每种细菌都有一个最佳pH值范围，过大的pH值波动会影响微生物制剂效果，如硝化细菌虽然各种亚硝酸细菌和硝酸细菌生长的最适pH值不同，但它们都在微碱性反应的环境中良好地生长，对pH值的变化反应明显。硝酸细菌如硝化杆菌为pH值为8.3～9-3，一般在中性或微碱性条件下生长最好。硝化细菌类产品需要养殖水体保持较高的碱度才能很好的发挥作用，理论上计算硝化细菌氧化1 mg N—NH4 ，需要消耗7.14mg碱度。池塘底部污染严重时，发酵产生的有机酸积累，碱度太低，会使底部pH值很低，会严重影响芽孢类微生物制剂对池塘底部的改良效果。有的细菌不耐高盐度，产品中活菌投水后死亡率高也是影响效果的原因之一。
营养缺乏或过多
细菌进入水体后繁殖速度与水体的营养水平有很大的关系。一般认为细菌生长对水体C、N、P的利用率100：5：1。如果水体太瘦，或营养成分单一或失衡，有些异养菌为主的活菌制剂不会大量繁殖，使用活菌几乎无效，此时应向水体中适当补充缺乏的营养才能达到更好的效果。如对于反硝化细菌，水体中BOD<3，需要补充碳源才能有较好的脱氮作用，否则即使满足了反硝化的条件，在养殖后期微生物制剂越用水色越浓。
其他环境因素
若水体中吞噬细菌的轮虫，枝角类等浮游动物大量存在时使用会影响使用效果。另外水中重金属或农药等化学物质含量过高都会对微生物制剂使用效果产生影响。
