微生物污染一直是制药行业用药安全方面最突出的一个问题，调查表明，由于微生物污染导致药物召回、GMP证书撤销事件中，约80%的问题为生产过程中方法、环境、管理等因素的问题。因此，在对潜在微生物污染进行分析的基础上，建立药品微生物污染控制计划对GMP极为重要。
一、药品微生物污染来源
药品微生物污染
药品中造成微生物污染的种类，主要决定于制剂原材料及生产环境等，具体如下：
01、原辅料：
原辅料中含动物脏器的药品往往会有革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌，并有可能带有沙门氏菌、葡萄球菌等；植物原料，往往会带真菌，如曲霉、青霉、链孢霉、酵母菌等，并可能带有土壤中的各种细菌。化学合成的原料则含菌量相对较少。
02、生产用水：
水也是药品中微生物污染的重要来源。因除了在配置各类制剂本身需要外，在洗涤及冷却过程均涉及不同的水。水中微生物数量主要由水的来源、处理方法、供水系统状况等决定。每个国家的药典均对药剂的用水品质及规格做了相应规定。
03、设备：
设备如维修、保养不及时，生产结束后不进行清洗消毒，可能会带来微生物滞留滋生。如药厂的高压灭菌锅安装不当，导致排气不畅、上下温度不均匀造成灭菌不彻底，可能会造成不可控的损失。
04、环境：
空气中含各种微生物，种类和数量因环境不同而有很大变化。 环境中有活动的人，含菌量就增多；湿度较高时，可促使环境中颗粒沉降，含菌量随之下降，但高湿度可助长真菌生长；在空气最常见的微生物，常是一些抵抗力强且耐干燥的细菌、霉菌及酵母菌。由于空气中含有数量不等的微生物，尤其是通风不良、尘埃多的不良环境，在生产药物制剂时，空气中微生物可能进入原料中，而使药物制剂发生污染，污染的程度与空气中的含菌量有关。
05、包装材料：
药品需要良好的包装，在保存期内免受微生物污染。各种包装容器如玻璃、塑料、纸制品在使用前都必须彻底消毒，消毒后存放条件也需符合卫生标准。成品放置时间不宜过长。
06、人员：
在生产过程中，人体的正常微生物亦可随之进入药品中，因此，人是药物生产过程中最大的污染源之一。做好消毒工作很有必要，据报告，洁净室中人员手臂、头轻微动作，每分钟可产生0.3-1.0 μm 的微粒50万个。穿白大褂，人的发尘量为普通工作服的24%，而穿连体工作服的发尘量为普通工作服的3%。
二、无菌药品灭菌标准
无菌药品的灭菌标准要实现除去或杀灭药品中的芽孢以及微生物繁殖体，从而保证药物制剂本身的安全性，也必须同时保证药品的稳定性及其临床的治疗效果，因此，灭菌以能否杀灭细菌芽孢为标准，即孢子灭菌剂，在国内又常称为杀孢子剂。
三、杀孢子剂的选择
制药厂无菌药品的生产车间消毒相对严格，在核心区不但要杀灭细菌、真菌还要杀灭顽抗性强的芽孢、真菌孢子等。对于一般的低效、中效消毒剂无法将芽孢杀灭， 由于芽孢具有很强的抗性，目前专业领域内杀孢子剂，国际上通用惯例选用：
1) 复合型过氧化氢（过氧化氢+银离子）；
2) 复合型过氧乙酸（过氧乙酸+过氧化氢）；
两者的区别
过氧化氢银离子（奥克泰士/Oxytech），德国进口，食品级无色无味无毒的，其作用后完全分解为氧气和水。高效广谱杀菌，对金属等材料基本无腐蚀；且对人体无任何毒性危害，但价格成本高一些。
复合过氧乙酸的成本稍低一些，但过氧乙酸本身具有较大的毒性和刺激性，对金属等材料的腐蚀性很大
