甘肃省微生物学会（英文译名为SOCIETY FOR MICROBIOLOGY GANSU，英文缩写是SMG）前身是中国微生物学会兰州分会。于1952年11月14日在兰州正式成立，专业范围除微生物学科外，还包括病理学和寄生虫学。成立之初，共有会员16名，除甘肃省兰州市会员外，还包括陕西省会员6名。
第一届理事会于1953年6月正式成立，由理事长王文义和6名理事组成，1953年底共发展新会员50名。1962年11月会员登记，共有会员59名。1963年5月调整理事会，王文义连任理事长，挂靠在兰州生物制品研究所。此时病理学和寄生虫学科因相继成立独立的学会而由微生物学会分出，调整后共有会员49名。至1964年10月6日，共有会员56名。
1966年后学会活动中断。1980年8月6日，学会在理事长王文义、副理事长齐长庆两位教授积极联系下，恢复活动。在原理事会基础上，增补董树林为副理事长、张曼奇为秘书。学会恢复活动后，立即着手调查登记会员，积极发展新会员，至1981年7月9日，我会共有会员112名。
1981年中国微生物学会兰州分会在兰州召开会员代表大会暨学术年会，选举产生第二届理事会，由19名理事组成。理事长为王文义，副理事长有齐长庆、董树林、傅增祺、杨圣典，秘书长为白植生。理事会下设医学、兽医、工业、农业四个微生物学组及会务组。
1983年甘肃省科协学会部根据中国科协1982年组织工作的决定精神，通知我会正式改名为“甘肃省微生物学会”，并向省科协学会部换领了印章。至1988年1月16日，我会共有会员202名。1988年1月在兰州召开会员代表大会暨学术年会，选举产生第三届理事会理事19名。理事长为董树林，副理事长张秉一、白植生，秘书长张曼奇。
1993年12月甘肃省微生物学会在兰州会召开会员代表大会暨学术年会，选举产生第四届理事会理事19名。理事长为白植生，副理事长白咸忠、周书全、韩冲，秘书长董保科。
2002年7月选举产生第五届理事会理事18名。本次会议修改了学会章程，选举理事长为沈心亮，副理事长封多佳、王锐、田连信、孟蕾(女)，秘书长王玉琳，常务理事沈心亮、王玉琳、封多佳、王锐、田连信、孟蕾(女)、韩冲。
2007年12月选举产生第六届理事会理事16名。理事长王玉琳，副理事长周剑平、王锐、孟蕾(女)、朱莉萍(女)，秘书长张云涛，常务理事王玉琳、王锐、孟蕾(女)、韩冲、周剑平、吴润、刘在新、朱莉萍(女)、张云涛。王玉琳、张云涛当选为中国微生物学会第九届理事会理事，2011年10月甘肃省微生物学会朱莉萍、周剑平、周旭当选为中国微生物学会第十届理事会理事。
甘肃省微生物学会是由省微生物学科技术工作者及有关单位自愿结成，依法登记成立，学术性、非营利性地方性法人社会团体，是党和政府联系广大微生物学科学工作者的桥梁和纽带，是甘肃省微生物学学科的技术力量。
